E 20º31'42.30"
N 49º51'32.95"

Zbudowany ok. 1636- 1648 na miejscu domu rodzinnego św. Szymona na długo przed Jego beatyfikacją. Taki ofiarny gest Lipniczan spowodowany był wielkim kultem do Szymona i licznymi cudownymi uzdrowieniami. Obok kościoła znajduje się studnia, którą wykopano z fundacji mieszczanki Stawinoskiej, której we śnie polecił to uczynić św. Szymon. Gdy spełniła to polecenie, została cudownie uzdrowiona z poważnej choroby. Ludzie używali tej wody w różnych dolegliwościach a szczególnie w chorobach oczu, gardła i niepłodności kobiecej. Wiele jeszcze innych cudownych uzdrowień miało i ma miejsce za przyczyną św. Szymona. Warto o nich posłuchać odwiedzając Lipnicę Murowaną. Przez cały lipiec w kościele św. Szymona odbywają się wieczorne nabożeństwa i nowenna.